Dr. Nicolas Corradi

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Full Name

Dr. Nicolas Corradi

Academic Profile

Summary

Producing fungal strains to help plants and crops grow better and to produce a healthier and more diverse ecosystem

Long description

The research performed in this lab involves the evolutionary genomics of ecologically relevant and medically important fungi. In particular, the research focuses on two fungal organisms that are evolutionary unrelated but equally intriguing: the Arbuscular Mycorrhizal Fungi (AMF) and the Microsporidia. AMF represent an ecologically relevant group of ancient asexuals that form widespread symbioses with the roots of most land plants. These organisms have unusual cellular features, as each mycelium is composed of thousands of nuclei that coexist within one cytoplasm and by an elevated intracellular molecular diversity . The research aims to understand the origin and evolution of this peculiar polymorphism, and to acquire long-awaited insights into the content and structure of AMF genomes by comparing large genome and transcriptome sequence data. In parallel, a large chunk of our research focuses on the acquisition and comparative analysis of genomic data from a group of obligate intracellular parasites called Microsporidia. Most species of this group are characterized by miniaturized genomes, which we use as models to study the evolution of eukaryotic parasite genomes in a broad sense.

Type of institution

University

Address

University of Ottawa, Laurier Avenue East, Ottawa, ON, Canada

Institution

University of Ottawa

I have a knowledge mobilization grant.

Yes

Website

http://www.uottawa.ca

Industry

Agriculture, forestry, fishing and hunting

Crop production, Forestry and logging

Video Transcript

Transcription

Transcript (English)

Introduce your team

Hello, my name is Nicolas Corradi. I’m the principal investigator of my laboratory located in the Department of Biology at the University of Ottawa.

Over the past eight years my lab has hosted and trained over 70 different personnel. Lab trainees include postdoctoral fellows as well as PhD, Masters, and honours students. Undergrads and visiting international students and researchers are also an important part of my team.

Presently my lab is composed of one postdoctoral fellow, three grad students as well as two honours students and several volunteers and work-study students.

Describe your research

My laboratory uses tools of molecular biology and bioinformatics to better understand the biology of microorganisms that are important from a medical perspective and from an ecological perspective. One of the organisms that we study is called Arbuscular Mycorrhizal Fungi. These fungi facilitate the capture of soil nutrients by plants by extending small root-like structure called hyphae.

These hyphae penetrate the roots of plants resulting in a complex nutrient exchange network between the plants and the fungus. Generally in the presence of these fungi, plants grow much better, the ecosystem is also much more diverse and plants are better protected against pathogens.

There are two main ways you can use to better understand this fungi. One, you can look under a microscope for hours hoping to discover something exciting. This approach, however, is very time-consuming and often results in frustration as these tiny organisms do not always like to cooperate with us.

Another perhaps more efficient way to look to their biology and better understand the way of living is to look at their DNA. Specifically, by sequencing the DNA we can identify the genes and proteins that they use to survive, adapt and propagate. To do so we cultivate this organism in the lab, extract their DNA and RNA and analyze their content using tools of molecular biology and bioinformatics.

Hi, my name is Gokalp and I’m a PhD student from Turkey. My research aims to understand the DNA content of this organism using a combination of molecular and bioinformatics techniques.

My name is Stephanie and I study the interactions between the strains of varieties of these fungi using a combination of microscopy and molecular biology techniques in order better understand the biology of these microbial organisms.

Hello, my name is Matthew and I study the RNA of this fungus to understand which genes are being expressed during different time points of their lifecycle. Overall our research comes together to better understand how these microbes create genetic diversity. This is important in order to understand the role this fungus plays in helping plants and crops grow better and to produce a healthier and more diverse ecosystem.

Hi, I’m Madhu, post-doc from India. I have expertise in bioinformatics. Using the tools of bioinformatics, I can identify the genetic components of the beneficial fungi that helps the plants to grow better.

Explain its significance

The fungal organism that we work on are an essential part of our everyday lives. They play a key role in the growth and health of most plant species. They are also often used by industry and we closely collaborate with industry partners that specialize in organic agricultural applications as we try to produce fungal strains that are better suited for certain plants; for example for certain specific conditions.

Ultimately, this will help the green economy and the environment by reducing the overall use of polluting fertilizers.

Transcript (French)

Introduisez votre équipe

Allo, mon nom est Nicolas Corradi. Je suis chercheur principal dans mon laboratoire situé au Département de biologie à l’Université d’Ottawa.

Durant les huit dernières années, mon laboratoire a accueilli plus de 70 différents membres du personnel. Les stagiaires de laboratoire comprennent des stagiaires postdoctoraux ainsi que des étudiants au doctorat, à la maîtrises et en thèses de spécialisation de 1er cycle. Les étudiants de premier cycle et les étudiants et chercheurs internationaux en visite sont également une partie importante de mon équipe. En ce moment, mon laboratoire accueille un stagiaire postdoctoral, trois étudiants de deuxième et troisième cycle et deux étudiants en thèse spécialisée de 1er cycle, ainsi que plusieurs bénévoles et étudiants du régime travail-études.

Décrivez votre recherche

Mon laboratoire utilise des outils de biologie moléculaire et de bioinformatique pour mieux comprendre la biologie des micro-organismes qui sont importants du point de vue médical et écologique. Un des organismes que nous étudions est appelé Arbuscular Mycorrhizal Fungi ou champignons mycorhiziens à arbuscules. Ces champignons facilitent la capture des nutriments dans le sol par les plantes en étendant de petites structures ressemblant aux racines appelées hyphes.

Ces hyphes pénètrent les racines des plantes, ce qui engendre un réseau complexe d’échange de nutriments entre les plantes et les champignons. Généralement, quand ces champignons sont présents, les plantes poussent beaucoup mieux, l’écosystème est beaucoup plus diversifié et les plantes sont mieux protégées contre les pathogènes. Il y a deux façons principales que l’on peut utiliser pour mieux comprendre ces champignons. L’une est de regarder à travers le microscope pendant de longues heures en espérant de découvrir quelque chose d’intéressant. Cette approche, cependant, prend beaucoup de temps et entraîne souvent de la frustration, car ces organismes minuscules ne coopèrent pas toujours avec nous.

Une autre approche plus efficace d’étudier leur biologie et mieux comprendre leur mode de vie est d’examiner leur ADN. Particulièrement, en séquençant leur ADN, nous pouvons identifier les gènes et les protéines qu’ils utilisent pour survivre, s’adapter et se propager. Pour ce faire, nous cultivons l’organisme en laboratoire, nous prélevons leur ADN et ARN et analysons leur contenu en utilisant des outils de biologie moléculaire et de bioinformatique.

Bonjour, mon nom est Gokalp et je suis en étudiant au doctorat de la Turquie. Ma recherche vise à comprendre le contenu  en ADN de cet organisme en utilisant une combinaison de techniques moléculaires et bioinformatiques.

Mon nom est Stephanie et j’étudie les interactions entre les différentes souches et variétés de ces champignons en utilisant une combinaison de techniques de microscopie et de biologie moléculaire afin de mieux comprendre la biologie de ces organismes microbiens.

Bonjour, mon nom est Matthew et j’étudie l’ARN de ce champignon afin de comprendre quels gènes sont exprimés à différents moments de leur cycle de vie. Dans l’ensemble, notre recherche explique comment ces microbes créent de la diversité génétique. Ceci est important afin de comprendre comment ces champignons aident les plantes et les cultures à mieux pousser et à produire un écosystème plus sain et plus diversifié.

Bonjour, mon nom est Madhu. Je suis une stagiaire post-doctorale de l’Inde. Je de l’expertise en bioinformatique. En utilisant les outils de la bioinformatique, je peux identifier les composés génétiques des champignons bénéfiques qui aident les plantes à mieux grandir.

Quelle est son importance

Les champignons que nous étudions sont un élément essentiel de notre vie quotidienne. Ils jouent un rôle important dans la croissance et la santé de la plupart des espèces végétales. Ils sont aussi souvent utilisés par l’industrie et nous collaborons étroitement avec nos partenaires industriels qui se spécialisent dans l’agriculture biologique, car nous tentons de produire des variétés de champignons qui sont conviennent mieux à certaines plantes; par exemple, pour certaines conditions particulières.

Finalement, ceci aidera l’économie verte et l’environnement en réduisant l’utilisation d’engrais polluants.